2024年, 第45卷, 第11期　
刊出日期：2024-11-10

  

• 全选
  |

• Select
  蛋白质组学专刊

  龙亿涛, 乔亮, 万晶晶

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 3-5.

  摘要 ( )   可视化   收藏

  <正>近年来，随着质谱技术、单细胞分析技术及多组学整合分析的快速发展，蛋白质组学领域取得了令人瞩目的进展，并广泛应用于生物学、医学和环境科学等多学科领域.本专刊汇集了国内研究机构在蛋白质组学及其相关领域的最新研究成果以及对相关领域的综述和展望，展示了蛋白质组学技术在基础研究和实际应用中的广泛潜力与创新性.本专刊旨在推动蛋白质组学领域前沿化学测量技术的交流与传播，促进各领域研究人员的深度合作.
• Select
  体液外泌体代谢组学研究进展和挑战（英文）

  曹宜青, 侯静欣, 刘建业, 李嫣

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 13-27.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  外泌体作为疾病诊断、监测和治疗的非侵入性生物标志物，在体液中广泛存在.作为细胞间信使，外泌体携带有丰富的蛋白质、核酸和代谢物，目前大多数研究集中在蛋白质和RNA上.最近，外泌体代谢组学在疾病检测和疾病病理生理学研究中展示出临床价值和潜在优势，但仍存在诸多挑战，特别是外泌体分离和代谢物检测.本文综合评述了外泌体分离和代谢物检测方面的技术进展和挑战，并通过案例研究，展示了不同类型体液的外泌体代谢物作为生物标志物在疾病早期诊断和治疗中的潜力.
• Select
  基于质谱的单细胞多组学分析技术研究进展

  霍志远, 周金萍, 马秀敏, 周严, 黄琳

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 28-39.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  近年来,随着质谱技术的飞速发展,单细胞质谱技术在生命科学领域发挥着越来越重要的作用.质谱已被广泛用于检测细胞群代谢和蛋白组,单细胞质谱多组学技术结合微观生物学和尖端质谱分析,为在单细胞层面进行深入研究提供了强有力的工具,进一步阐明了细胞微观复杂性.特别是在生物医学应用中,单细胞质谱多组学有助于细胞图谱绘制、生命现象分子机制探究及精准医学的发展等.本文综合评述了近年来基于质谱的单细胞代谢、蛋白组及其整合组学技术研发中面临的挑战与突破,并对其未来的发展趋势进行了展望.
• Select
  外泌体分离和蛋白质组学分析的研究进展

  靳莹, 张俊杰, 张毅欣, 袁悦, 韩珍珍

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 40-59.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  外泌体是多泡体与细胞质膜融合时释放的细胞外囊泡，含有蛋白质、脂质和核酸等.它以细胞外囊泡的形式运送货物，参与多种癌症过程（如侵袭和转移），被认为是液体活检的新兴靶标，其在细胞通讯、信号传导和免疫应答中发挥着重要的作用.质谱法已成为蛋白质组学研究领域不可或缺的一部分，外泌体的蛋白质组学分析是发现潜在癌症生物标志物的一种很有前途的方法.高分辨率分离、高效质谱分析和全蛋白质组数据库的最新进展都有助于患者样本中外泌体的成功分析.本文综合评述了外泌体的分离方法、蛋白质组学分析技术以及基于外泌体的蛋白质组学分析在临床疾病诊断的应用研究.最后，对外泌体分离和蛋白质组学面临的挑战及在临床应用中的前景进行了展望.
• Select
  基于质谱的单细胞分辨的空间蛋白质组学新技术研究

  沈枫林, 冯兆莹, 方静, 张磊, 刘晓慧, 周新文

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 60-72.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  细胞的异质性普遍存在,单细胞及单细胞分辨的空间蛋白质组学的研究能够帮助人类更加深入地了解疾病机理.然而,受限于单细胞中蛋白含量低以及检测技术灵敏度等问题,单细胞分辨的蛋白质组学的发展面临着一系列重大技术挑战.近年来,随着质谱仪器的灵敏度、分辨率和扫描速度等方面的提升,许多新的基于质谱的单细胞分辨率的空间蛋白组学新技术被开发出来,并用于定量单个细胞中数千种的蛋白,给疾病、环境和医药等研究领域提供了高分辨的数据,具有广阔的应用前景.本文综合评述了这些基于质谱的单细胞分辨率的空间蛋白质组学的新技术，并对其未来的发展趋势进行了展望.
• Select
  基于质谱的单细胞蛋白质组学分析

  范智瑞, 方群, 杨奕

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 73-88.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  单细胞蛋白质组学分析能揭示细胞个体之间蛋白质的精细差异，在诸多重要领域具有重要的应用价值，已成为目前的研究热点；其难点在于单细胞内的蛋白质极其微量，需要解决样品处理过程中的损失问题、色谱质谱检测的灵敏度问题和低信号强度质谱数据的解析利用问题.本文从单细胞分选、样品处理、色谱质谱采集和数据分析等方面，综合评述了目前基于质谱的单细胞蛋白质组学分析方法的研究进展及其在生物医学领域的应用，并展望了其未来的发展前景.
• Select
  面向小分子检测的MALDI MS基质研究进展

  续红妹, 王梁臣, 闵乾昊

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 89-99.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  低分子量化合物的分析与鉴定对于追踪药物分布和探究生物体内不同的代谢途径至关重要.基质辅助激光解吸电离质谱(MALDI MS)在生物分子分析方面发挥着重要作用,但是传统的有机基质自身电离产生的碎片信号会对小分子检测造成干扰,且基质与样品结晶的不均匀性也严重影响信号的重复性和成像的空间分辨率.为了克服这些问题,研究者们开发了一系列适用于小分子检测的基质.本文介绍了用于小分子检测的MALDI MS基质开发的研究进展,主要包括去质子化基质、改性商业化基质、高分子量有机基质、反应性基质和纳米材料基质,并对新型的MALDI MS基质的适用范围与应用领域进行了总结和展望.
• Select
  水产品中过敏原检测的研究进展

  左春倩, 许瑞瑞, 毕红燕

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 100-109.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  食物过敏是机体免疫系统对某些食物的异常反应,在世界范围内引起了广泛关注.食物过敏通常是由免疫球蛋白E或免疫细胞介导的.食品中所包含的致敏蛋白(过敏原)是导致食物过敏的主要因素之一,对过敏原的检测和鉴定对于确保食品安全至关重要.水产品作为人类重要的蛋白质来源,是人们日常饮食中不可或缺的一部分,对水产品中过敏原的检测非常必要.本综述简述了近年来鱼类和贝类等水产品中过敏原检测的研究进展,对常见的过敏原、过敏原检测方法和技术、当前研究中存在的挑战及未来的发展趋势进行了总结和展望.目前，食品中常见过敏原的检测方法依然存在检测效率和准确性低、成本昂贵等局限性,将不同技术方法相结合,建立高效、准确、低成本的过敏原检测方法仍是该研究领域发展的重要趋势.
• Select
  深度覆盖蛋白质组学质谱分析：细胞蛋白提取方法的评估（英文）

  许霞, 秦伟达, 李若萌, 王倩倩, 刘宁, 李功玉

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 110-119.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  综合评估了分别基于尿素(Urea)、十二烷基硫酸钠(SDS)、阴离子表面活性剂(BT)和新型总RNA抽提试剂(Trizol)的蛋白质提取方法，旨在优化基于质谱的蛋白质组学的样品制备流程.以HeLa细胞为例，利用与质谱兼容的表面活性剂BT可显著缩短提取蛋白质的总时间，减少样品制备过程中蛋白质的损失.整合了4种蛋白质提取方法，在不依赖柱前分馏技术的前提下，从HeLa细胞中鉴定出超过7000个蛋白质；并采用无标定量的方法定量测定了其中2990个蛋白质.值得注意的是，BT法和SDS法在提取膜蛋白方面具有更高的效率，而Urea法和Trizol法在提取细胞核和细胞质组分方面更有效.研究结果为深度覆盖蛋白质组学提供了蛋白质提取的新型解决方案，尤其在细胞蛋白提取方面，通过整合质谱兼容型表面活性剂与传统提取方法，有效提升了蛋白质鉴定数.
• Select
  基于基质辅助激光解析质谱的高通量酪氨酸酶活性及抑制剂分析

  石倩, 刘冬梅, 方小泥, 刘宝红

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 120-127.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  利用具有高效便捷分离能力和强紫外吸收的磁性石墨烯纳米材料Fe3O4@G，结合基质辅助激光解析质谱用于酪氨酸酶的活性及抑制剂分析.与其它方法相比，该策略在避免繁琐样品前处理的基础上，减少了样品的损失，提高了检测的灵敏度.此外，结合基质辅助激光解析质谱实现了高通量的样品分析.本文结果对于深入了解黑色素合成过程、研究相关疾病以及开发有效的药物和美容产品具有重要意义.
• Select
  非靶向脂质组学揭示巨噬细胞泡沫化进程脂质代谢功能失调

  汪增钰, 刘宝红, 乔亮, 林灵

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 128-136.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  动脉粥样硬化是一种多因素驱动的慢性复杂性疾病,主要特征为动脉内壁的脂质积累、炎症反应以及最终的纤维斑块形成.斑块的形成始于异常累积的脂质被动脉壁内的巨噬细胞吞噬,形成所谓的泡沫细胞.尽管泡沫细胞的形成在血管病理性重塑进程中扮演着核心角色,但目前对巨噬细胞泡沫化进程中脂质代谢紊乱的深入研究还相对欠缺.本文构建并优化了脂质组学分析流程,并将该流程用于巨噬细胞泡沫化进程中的代谢重编程分析,共鉴定到16个脂质亚类的645个脂质分子.使用主成分分析、时间序列模式分析和火山图分析,揭示了不同时期的泡沫细胞脂质水平存在显著差异.随着氧化低密度脂蛋白孵育时间延长,泡沫细胞脂质代谢失调程度增加,脂质亚类中甘油三酯、溶血磷脂、醚磷脂水平上调,而磷脂酰丝氨酸水平下调.甘油三酯的显著累积增强了巨噬细胞的炎症反应,通过进一步吞噬氧化低密度脂蛋白促进了泡沫细胞的形成;同时,磷脂酰丝氨酸和溶血磷脂酰胆碱在泡沫细胞晚期合成显著增加,表明泡沫化进程与细胞凋亡正相关,这些脂质分子可能作为信号分子趋化巨噬细胞对凋亡细胞的清除.本文不仅揭示了巨噬细胞在泡沫化进程中炎症反应的显著上调,还阐明了脂质代谢紊乱与细胞凋亡信号传递之间的紧密联系.
• Select
  等离子体复合材料辅助小分子代谢物的质谱半定量分析及鉴定

  曹婷, 舒伟康, 万晶晶

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 137-143.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  利用枝状介孔二氧化硅纳米球（DMSN）作为载体，将金、银纳米颗粒均匀负载在其表面，制备了DMSN@Ag/Au复合材料，并将其作为基质辅助激光解吸离子化（MALDI）基质.该基质可实现高灵敏度小分子代谢物分析，检测限为0.005 mg/mL.该基质具有较好的检测重现性，并提供自身的Au+信号作为信号参比，从而提高定量分析准确度.此外，DMSN@Ag/Au可诱导分析物发生Ag+加和，辅助代谢物鉴定.该基质有望作为新一代的多功能MALDI基质，为临床质谱分析提供新的思路.
• Select
  温度控制的泛素/三磷酸腺苷相互作用的电喷雾质谱研究

  刘思盈, 粟雯, 周仲燕, 杨治渝, 裴华夫, 何芷茹, 王娜, 岳磊

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 144-151.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  通过基于温度控制的蛋白质小分子相互作用电喷雾质谱（PSMI-ESI-MS）技术探究了模式蛋白质泛素（Ubi）与重要的生物活性小分子三磷酸腺苷（ATP）体系.在室温条件下，泛素和ATP以1μmol/L∶50μmol/L浓度比混合溶液的电喷雾质谱图和自然状态下泛素的电荷特征一致，主要形成了+5,+6,+7电荷态下的3类峰.ATP主要和+5,+6的泛素分别形成摩尔比为1∶1和1∶2的复合物，而+7的泛素-ATP复合物实验中相对较少，说明低电荷态时的泛素对ATP有更强的亲合力.通过不同浓度比泛素-ATP的质谱行为分析，发现浓度维度上的结合状态没有显著差异，而在不同温度的泛素及泛素-ATP复合物的电荷分布情况有明显差异.计算得到的结合亲和力随温度的增大而增大，说明去折叠后的泛素和ATP的相互作用增强.通过热力学进一步分析了不同浓度ATP对泛素折叠和去折叠吉布斯自由能的影响，发现ATP的存在增加了泛素去折叠所需的能量，因此增强了泛素的稳定性.根据泛素和ATP在温度维度下的电喷雾质谱分析得到了化学计量比、结合亲和力和吉布斯自由能等多维度的信息，为蛋白质分析，尤其是与小分子相互作用的研究提供了参考.
• Select
  代谢指纹图谱尖端Fe₂O₃纳米棒驱动的高性能质谱分析用于构建PM_2.5暴露鼠的

  张怡涵, 滑天宇, 侯士姣, 张洋洋, 殷丹, 姬向波, 张岩皓, 裴聪聪, 张书胜

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 152-161.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  激光解吸电离质谱（LDI MS）对复杂样本中代谢物的检测受限于基质材料的选择和设计.结构调控可以进一步提高基质材料的检测性能.尖端结构能够有效增强电荷转移和光热转换效率，有望提升纳米材料在LDI MS代谢物检测中的电离和解吸能力.因此，本文构建了基于尖端结构Fe₂O₃纳米棒（Nr-Fe₂O₃）的LDI MS平台.Nr-Fe₂O₃具有纳米表面粗糙、光吸收强、可增强电离能力和光热转换等特性，显著提高了LDI MS对代谢物检测的选择性和灵敏度[与Fe₂O₃纳米颗粒（Np-Fe₂O₃）相比，信号增强3～10倍；与商业化有机基质相比，信号增强10～15倍)].在实际样本检测中，将基质材料Nr-Fe₂O₃用于直径<2.5μm的大气颗粒物(PM_2.5)暴露前后大鼠的血清代谢指纹图谱采集，并联合T检验成功筛选了暴露前后具有显著波动的差异性代谢特征值.本文方法为后续设计高性能基质材料提供了新思路，也为PM_2.5暴露毒理学研究提供了一定的理论支撑.
• Select
  利用无标记单细胞蛋白质组学方法构建小鼠外周血单个核细胞的细胞图谱

  黄玉滢, 于成鲲, 刘斯奇, 任艳

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 162-169.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  采用抗体荧光标记法分离出T细胞、 B细胞、自然杀伤细胞和树突状细胞.使用CellenONE单细胞分选系统分选出相应的单细胞，在分选过程中应用了质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学(Mad-CASP)技术.将高疏水性肽段预先加入至分选的孔板中，从而减少了蛋白在孔板和色谱柱上的吸附.提取出单细胞蛋白并进行酶解，采用液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)技术对获得的肽段进行数据采集，并利用Maxquant软件中的谱图库及“运行中匹配”功能进行了蛋白质的搜库鉴定.采用维恩图和统一流形近似与投影(UMAP)技术分析了4种细胞的蛋白表达差异，对细胞的特异性蛋白进行了分子特征数据库小鼠免疫通路富集，并对计数排序前2名的通路进行了分析，同时利用模糊C均值聚类方法和京都大学基因与基因组数据库(KEGG)通路富集分析了免疫细胞共享蛋白定量值的变化，绘制了专属于小鼠外周血单个核细胞的单细胞蛋白质组学图谱.研究结果对深入理解免疫细胞的功能特征和发现疾病相关的关键蛋白标记物具有重要价值.
• Select
  细菌的蛋白质组成分析——深入比较三种质谱方法（英文）

  蒋龑, 陈妍琳, 宋高瑜, 陈炎炎, 白晶, 朱莹娣, 李娟

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 170-185.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  细菌蛋白质组成分析对于了解其生物学、生理学及其与环境的相互作用至关重要.质谱是用于蛋白质分析的最有力工具之一，在蛋白质的分子量确定、表达水平测量及结构修饰分析等研究中不可或缺.本文比较了蛋白质指纹质谱、自上而下蛋白质组学和自下而上蛋白质组学等3种广泛使用的质谱方法在细菌蛋白成分分析中的表现.结果表明，自下而上蛋白质组学提供了最高的蛋白覆盖率，同时也在不同菌种之间显示出最大的蛋白质图谱重合度.相比之下，蛋白质指纹质谱显示出最高的检测再现性以及菌种区分或鉴定的高效性.自上而下蛋白组学检测到的细菌蛋白质数量明显少于自下而上蛋白质组学，但其可以与蛋白质指纹质谱兼容(二者均偏向于检测高丰度、高稳定和高亲水性的核糖体蛋白质)，在菌种鉴定的同时为蛋白标志物的发现提供重要手段.本文对基于质谱的蛋白质组成分析方法进行了比较，为特定分析目标的方法选择提供了指导意见.这将对于细菌感染诊断、抗生素耐受性分析和抗生素作用靶点发现等多个领域的研究具有重要价值.
• Select
  基于微萃取-纳喷雾质谱技术的纳升脑脊液中咖啡多酚的检测

  闫勇杰, 高文博, 鲁晨辉, 杨成, 徐姝婷

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 186-195.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  设计并建立了一种适用于纳升脑脊液中多酚类物质原位萃取及快速定性定量分析的方法.通过制备具有较好生物兼容性和稳定性的聚吡咯微萃取探针，实现了脑脊液中多酚的快速高效富集，降低了基质干扰；将其与纳喷雾离子化质谱联用，实现了对微量体积小鼠脑脊液中多酚的高通量快速检测.利用微萃取-纳喷雾质谱技术建立了同时检测脑脊液中4种酚酸（咖啡酸、 3-羟基苯乙酸、高香草酸和阿魏酸）和2种黄酮（表儿茶素和表没食子儿茶素没食子酸酯）的方法 .该方法检测的线性范围为0.1/0.5/1～20μg/mL（R²=0.994～0.999），检出限为0.027～0.39μg/mL（0.014～0.20 ng），在脑脊液基质中的加标回收率为96.9%～108%.该方法具有样品量小、线性范围宽、检出限低和定量准确的优点.此外，该方法可用于小鼠摄食多酚咖啡后脑脊液中多酚含量及动态变化分析，对了解多酚在脑脊液中的分布和代谢以及探究其在神经保护方面的作用机理等具有潜在的应用价值.
• Select
  DEEP SEQ方法检测新生儿毛干蛋白质组动态变化

  胡宇虹, 俞相明, 宋丽丽, 邢清和, 周峰

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 196-202.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  利用一种深度高效肽段鉴定蛋白质组学方法,结合相对定量同位素标记,对新生儿出生后24, 48, 72和96 h的自然掉落毛干样本中的蛋白质进行差异蛋白质组分析.在新生儿出生后96 h内采集的4份毛干样本中,共鉴定到1735个蛋白,有大量蛋白表达量表现出动态变化,涉及胚胎发育、能量代谢及神经系统相关通路.结果表明,毛干作为新颖的临床样本,能够反映新生儿早期剧烈的生理和分子变化过程,为新生儿的无创诊断和早期疾病筛查提供了新的思路.
• Select
  标志物研究中常用蛋白组学质谱方法的定量准确性评估

  张磊, 申华莉

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 203-211.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  在疾病发生过程中,蛋白质的表达水平、修饰状态或相互作用模式的变化有可能反映病理状态或疾病进展,因此蛋白质常被用作疾病标志物.基于质谱的蛋白质组学发现了大量的潜在疾病标志物,这些标志物及其质谱检测方法能否进一步推广至临床检测,定量准确性和稳定性是关键.本文合成了32条标准肽段,对数据非依赖性采集(DIA)、多反应监测(MRM)及平行反应监测(PRM) 3种有潜力在临床质谱方面大规模应用的定量方法进行了比较和评估.将肽段稀释成4个不同的浓度来模拟不同丰度的实际样本,用以上3种质谱方法采集数据后,比较了肽段发现率、标准曲线线性、日间和日内精密度及保留时间(RT)漂移等情况,总结了3种定量方法各自的优缺点和潜在应用方向.结果表明, MRM定量方法最适合临床应用,在于其优异的日间日内稳定性、灵敏度和定量精度；PRM适合科研方向靶向定量,因其拥有最高灵敏度和较高稳定性定量精度；而DIA由于高通量而依赖于软件和算法解析,定量数目多的同时,对于特定肽段定量准确性比PRM/MRM差.
• Select
  基于Aerolysin纳米孔道的单个β-淀粉样多肽N-端片段分析

  陈天泽, 胡方舟, 林绪波, 应佚伦, 邹爱华

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 212-220.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  淀粉样蛋白（β-amyloid,Aβ）引起的淀粉样蛋白异常沉积被认为是诱发阿尔茨海默症的因素之一.与人类不同,啮齿动物较少出现这类特征性病变.与人类Aβ相比,啮齿动物Aβ的第5,10和13位氨基酸由Arg,Tyr和His分别变为Gly,Phe和Arg.本文采用分子动力学模拟和Aerolysin纳米孔道单分子分析技术对人类Aβ_1—15和啮齿动物Aβ_1—15的结构差异进行研究.实验结果表明,与人类Aβ_1—15相比,啮齿动物Aβ_1—15穿过纳米孔道时具有更低的阻断频率和能垒,证明了Aerolysin纳米孔道可以辨别具有细小结构差异的Aβ多肽分子.本文以硫酸盐K₂SO₄作为糖胺聚糖（Glycosaminoglycans,GAGs）的简化模型,对Aβ_1—15与硫酸根离子的相互作用进行研究.统计分析显示,两种多肽均能与硫酸根离子结合,降低它们被纳米孔道捕获的频率,人类Aβ_1—15的捕获频率降低25%,啮齿动物Aβ_1—15的捕获频率降低59%.然而,加入硫酸根离子后,两种多肽阻断时间的变化存在明显差异,与未加入硫酸根时相比,人类Aβ_1—15的阻断时间延长了14%,啮齿动物Aβ_1—15的阻断时间则缩短了7%.由实验结果推测,两种多肽不同的序列和构象导致它们与硫酸根离子结合的方式和强度不同,对过孔行为产生了不同影响.本文研究结果对于筛选用于阿尔茨海默症治疗的小分子抑制类药物具有参考价值.
• Select
  RNA-蛋白质复合物规模化富集与鉴定新方法

  董沛滢, 刘彤, 秦伟捷

  高等学校化学学报. 2024, 45(11): 221-229.

  摘要 ( ) PDF全文 ( )   可视化   收藏

  RNA-蛋白质复合物调控着生物体内各种生理过程,在RNA从合成到降解的生理活动历程中发挥关键作用.为了更全面解析RNA-蛋白复合物(RNA-protein complexes, RPC)相互作用网络,近年来研究者除了开发RNA直接结合蛋白(RNA-binding proteins, RBP)规模化富集方法,也将目光转向了与RBP存在相互作用的RNA间接结合蛋白(RNA-associated proteins, RAP),二者与RNA共同组成了结构复杂、功能各异的RPC.但以往方法均将RPC中包含的所有蛋白视为整体,统一鉴定,缺乏能够规模化区分RBP和RAP的有效途径.基于此,本文联合使用254 nm紫外交联法和二硫双琥珀酰亚胺丙酸酯(DSP)蛋白交联剂,通过不同反应原理将RBP与RAP分别富集于链霉素磁珠,进而通过分步洗脱方法分别获取纯化的RBP和RAP,并结合质谱分析实现二者的各自独立鉴定.采用该方法在HeLa细胞中共鉴定到2007个高置信RBP, 927个高置信RAP,其中有243个RAP为首次鉴定.此方法的建立有助于细化RPC中各组分间的相互作用网络,为后续的生物应用提供方法和数据基础.