为探究番鸭羽色调控机制，本试验以黑羽及白羽番鸭为研究素材，运用Illumina Hiseq高通量测序技术，对不同羽色部位毛囊组织进行转录组测序，经基因本体论（GO）富集分析对差异表达基因功能进行解析，实时荧光定量逆转录PCR（RT-qPCR）验证初步获得的上调差异基因，并开展选育后代羽色性状验证筛选研究。结果：以|log₂FC|≥6（P<0.05）为筛选条件，获得显著差异表达基因112个（上调基因63个，下调基因49个）;进一步分析获得番鸭羽色性状相关候选差异表达基因10个，胶原肌丝生成相关基因可能参与番鸭黑白羽色性状遗传的调控过程，并初步筛选肌节蛋白（MYOT）、肌红蛋白（MB）、5′核苷酸酶1型（NT5DC1）等3个上调基因；开展选育后代番鸭羽色性状表达，筛选的MYOT、MB可作为番鸭羽色遗传的标记候选基因。研究结果丰富了番鸭羽色性状遗传方面的基础性研究，对开展黑羽型番鸭育种具有积极的促进意义和研究支撑。