主要组织相容性复合体(MHC)是存在于脊椎动物染色体上、呈高度多态性的基因群，与机体的抗病性密切关系。MHCⅠ类分子由α链和β_(2m)微球蛋白组成，α链呈高度多态性。为探究草鱼MHCⅠα基因的多态性特征，本研究对3个草鱼个体的MHCⅠα基因进行克隆和测序，并使用生物信息学方法分析比较草鱼与小鼠、牛和鸡的MHCⅠα基因多态性特征。结果：共获得了5条草鱼MHCⅠα基因型序列，其基因编码332个氨基酸，包括信号肽、α1、α2、α3和TM/CY区域。草鱼MHCⅠα基因的氨基酸变异位点主要分布在α1和α2区域，与小鼠、牛和鸡MHCⅠα基因肽结合区(PBR)空间结构相似，多态性位点分布在抗原递呈的关键部位α螺旋或β折叠上。草鱼MHCⅠα基因的进化受自然环境的负向选择作用，而其他3个物种的进化方式均为正向选择。此外，草鱼MHCⅠα基因与其他脊椎动物亲缘关系较远，单独构成进化树上一大分支，且个体间继续分化为不同的亚支。本研究从基因层面阐述了草鱼MHCⅠα基因多态性特征和分子进化规律，为进一步探究低等脊椎动物MHCⅠα基因的生物学特征奠定基础。