旨在通过比较苏北地区健康奶牛和乳房炎奶牛乳汁中的微生物菌群结构和多样性，分析不同养殖场奶牛乳腺中的主要常驻菌，为防控奶牛乳房炎的发生提供基础数据和科学依据。针对苏北地区3个规模化奶牛养殖场随机采集137份乳样，采用加州乳房炎检测法筛选健康奶牛和乳房炎奶牛，通过对奶样中细菌的16S rRNA测序分析，揭示该地区奶牛乳房炎的流行趋势。结果表明：该地区3个规模化奶牛养殖场乳房炎的平均阳性率为42.0%,其中，养殖场A的主要乳房炎致病菌是木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus)、松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri)、大肠杆菌(Escherichia coli)和肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae),养殖场B的致病菌主要是肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和木糖葡萄球菌，而养殖场C奶牛乳房炎阳性比例少，仅有少量的木糖葡萄球菌。此外，伯克霍尔德菌(Burkholderia)、克雷伯菌(Klebsiella)、链球菌(Streptococcus)和草螺菌(Herbaspirillum)是奶牛乳腺中优势常驻菌。研究表明，16S rRNA测序分析技术能够很好地筛选出乳样中的主要菌属，进而分析优势常驻菌，为防控奶牛乳房炎提供参考。