为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响，采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物，提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化，采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示，柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上，感染前，两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌；感染后厚壁菌门丰度下降，变形菌门、放线菌门的丰度上升，差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上，与对照组相比，感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示，与生理盐水移植组相比，盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响，减轻盲肠损伤，卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物移植组和粪便菌移植组的抗球虫指数分别为173.12和164.38,可以抵抗柔嫩艾美耳球虫的感染。以上结果表明，柔嫩艾美耳球虫感染破坏了原始肠道菌群，鸡盲肠的组成和结构被改变，促进了以埃希菌-志贺菌为代表的致病菌快速生长和定殖，而正常鸡肠道内存在益生菌，可保护机体对抗柔嫩艾美耳球虫感染。