单细胞RNA测序(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)是在单细胞水平上实现高通量测序的技术，可以用来研究特定细胞亚群基因表达的异质性，帮助我们识别未知或稀有的细胞类型，并为进一步的研究奠定基础。scRNA-seq技术的进步使其在肿瘤、临床医学和发育生物学等领域得到了广泛应用，但在畜禽育种中的研究还较少。本文介绍了scRNA-seq一般流程，着重阐述了其在畜禽的生殖分化、毛囊发育和肌肉生成等方面的研究现状以及前景，以期为scRNA-seq在畜禽遗传育种中的研究和应用提供理论依据。