野猪是多种重要动物疫病的天然宿主，为了解2021—2022年期间南京市野猪疫病感染情况、基因型及遗传变异特征，为野猪疫病的防控提供科学依据，在江苏省南京市共采集30头野猪的76份样品，其中30份全血样品、30份血清样品、6份粪便样品和10份组织样品(心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏组织的混合样品)用于开展猪瘟病毒(CSFV)、非洲猪瘟病毒(ASFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、口蹄疫病毒(FMDV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的病毒核酸及抗体检测。不同样品PCR检测结果显示，30头野猪中有12头PCV3阳性，阳性率为40%;PCV2阳性率为6.7%;其余病原核酸检测均为阴性。在PCV2检测阳性的野猪样品中成功获得2条PCV2全基因组序列，且均属于PCV2d基因亚型。血清抗体检测结果显示，野猪PCV3、PCV2、PRV gB、PRRSV、PEDV和FMDV A型抗体阳性率分别为53%、30%、30%、3.3%、3.3%和6.7%;所有野猪CSFV、ASFV、PRV gE抗体和FMDV O型抗体检测均为阴性。本研究揭示了南京市野猪携带或感染过多种重要病毒，需持续对野猪进行疫病监测，并研究野猪与家猪间的疾病传播规律。