为了解猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)在国内的流行与变异情况，本研究应用RT-PCR方法对2020—2021年采集的16省市共732份猪腹泻病料进行PEDV核酸检测，并对PEDV阳性样本进行S基因扩增、测序以及遗传进化分析。结果显示，2020—2021年采集的732份样本中489份PEDV阳性，阳性率为66.80%。获得76株PEDV S基因序列，遗传进化和核苷酸一致性分析显示71株为GⅡb型、5株为S INDEL型，毒株间核苷酸序列一致性为93.9%～100%。对贵州铜仁2020年2株和2021年3株S基因序列比对结果显示，2021年3株S基因序列一致性为100%,且与2020年的1株序列一致性为99.9%;对江苏盐城2020年2株和2021年2株S基因序列比对分析，其核苷酸一致性为97.6%～99.2%。对获得的76株S基因编码蛋白的氨基酸序列比对分析，与疫苗株CV777相比，71株GⅡb型毒株S基因序列与GII型代表株具有高度相似的遗传标记，包括在58～59位氨基酸之间存在4个氨基酸的插入，在139～140位氨基酸间存在1个氨基酸的插入；5株S基因序列除具有与S-INDEL型代表株相同的遗传标记外，在139～140位氨基酸间存在1个氨基酸的缺失，且在S蛋白N端存在多处连续突变；此外，ZJLS10-2021株、GXNN14-2021株与其他基因型相比分别在1 267～1 268位氨基酸之间存在1个氨基酸的插入，在379～383位氨基酸之间存在3个氨基酸的插入。研究结果表明，我国不同省市PEDVS基因具有易突变特性，同一地域主要流行毒株具有相对遗传稳定性。本研究为进一步监测和分析引起我国猪群腹泻的发生、流行、追踪和溯源及研究PEDV传播的途径和遗传变异规律提供了有力的数据支持，同时为猪腹泻病的防控和疫苗研发提供理论和技术参考。