猪流行性腹泻病毒(PEDV)对养猪业造成了巨大的损失。为了解甘肃省PEDV的流行情况，本研究在2018—2021年间收集了甘肃省43个猪场的腹泻猪肠内容物样本，利用RT-PCR方法对PEDV进行检测，并测定病毒的全基因组序列，绘制进化树，进行重组分析。结果显示，PEDV阳性率为95.3%(41/43),是引起猪腹泻的主要病原。本研究随后选择2株病毒进行分析。结果显示，这2株PEDV为GⅡ-c型，其S基因均发生了重组事件，与疫苗株亲缘关系较远。本研究首次发现甘肃省内出现GⅡ-c型PEDV的流行，其S基因重组自GⅡ-a型PEDV。该发现为猪流行性腹泻的诊断和防控提供了依据。