旨在了解2020—2021年间全国部分地区H9亚型禽流感病毒(H9-AIV)的分子流行病学和遗传变异情况，因此从全国部分地区采集到10 336份临床样本进行了H9-AIV包括核酸检测、病毒分离、HA基因测序和遗传变异等方面的分析。病原核酸检测结果显示，AIV-H9阳性率为16.1%(1 665/10 336),白羽肉鸡中的检出率最高，商品肉鸡检出率高于蛋鸡。本研究获得920株H9-AIV分离株，其中464个代表性毒株的遗传进化分析显示，所有分离株全部位于h9.2.4.5分支，且均为典型低致病性AIV,与WJ57毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为92.2%～99.9%和89.6%～99.8%;结合关键氨基酸位点分析，这些分离株逐步向哺乳动物适应性和气溶胶传播方向发生变异。以上数据表明，H9-AIV分离株进一步增强了对哺乳动物的感染力且传播力不断加强，因此持续监控其检出和变异对家禽健康养殖、人类健康至关重要。