海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪转录组测序比较分析

晁哲, 任钰为, 孙瑞萍, 魏立民, 刘海隆, 邢漫萍, 黄丽丽, 郑心力

畜牧与兽医 ›› 2023, Vol. 55 ›› Issue (03) : 1-7.

海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪转录组测序比较分析

  • 晁哲, 任钰为, 孙瑞萍, 魏立民, 刘海隆, 邢漫萍, 黄丽丽, 郑心力
作者信息 +
History +

摘要

为了研究海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)皮下脂肪组织的遗传差异,本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对2种山羊皮下脂肪组织进行转录组测序分析,运用DESeq鉴定2种山羊皮下脂肪组织间差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达的mRNAs进行GO功能、KEGG通路富集分析,同时对差异表达的lncRNAs进行靶基因预测分析。结果显示:海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪间存在330个差异表达的mRNAs,其中4个基因在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、1个基因在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达,在330个差异表达的mRNAs中,根据差异倍数大小,排名前10位的基因分别是PLXDC1、AOC1、SHROOM3、NTS、SPATS2、LOC102181165、BDKRB2、GSDMA、ETNK2、EPOR;存在138个差异表达的lncRNAs,其中9个在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、5个在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达。此外,本研究共获得143个差异表达lncRNAs顺式作用靶基因和135个差异表达lncRNAs反式作用靶基因。本研究为进一步研究山羊皮下脂肪沉积的遗传机理提供科学依据。

关键词

海南黑山羊 / 皮下脂肪 / 基因 / 信使RNA / 长链非编码RNA

中图分类号

S827

引用本文

导出引用
晁哲, 任钰为, 孙瑞萍, 魏立民, 刘海隆, 邢漫萍, 黄丽丽, 郑心力. 海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪转录组测序比较分析. 畜牧与兽医. 2023, 55(03): 1-7

基金

海南省自然科学基金创新研究团队项目(320CXTD445); 海南省科协青年科技英才学术创新计划项目(QCXM201802); 中央引导地方科技发展专项资金(ZY2022HN09)

评论

Accesses

Citation

Detail

段落导航
相关文章

/