旨在构建我国部分马、驴细胞色素b(CYTB)基因的DNA条形码数据库，并研究其遗传多样性。以全国不同区域的8个马和3个驴品种共计149例样本为研究对象，以CYTB为候选基因，构建DNA条形码数据库，并与前期获得的细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)和16S rRNA(16S)基因的DNA条形码进行对比，对我国部分马、驴品种进行遗传多样性分析。本研究共生成了CYTB DNA条形码1 271条，经分析，CYTB、COⅠ和16S的GC含量范围分别为44.4%～47.0%、38.3%～47.0%和40.9%～42.6%。对比后发现CYTB基因拥有最多的单倍型序列，在3个基因中表现出更多的多态性位点数，且单倍型多样性更高。编码蛋白的CYTB和COⅠ基因的第3位密码子突变率更高，保守性最小，而非编码蛋白16S基因中3位密码子突变率没有显著差异。CYTB和COⅠ蛋白序列的氨基酸含量不同，CYTB中含量最多的3个氨基酸为亮氨酸、异亮氨酸和苏氨酸，COⅠ为亮氨酸、甘氨酸和丙氨酸。在CYTB和16S条形码中，无论是在物种水平上还是在亚种水平上，种内和种间距离都出现重合现象，而马和驴的COⅠDNA条形码在种内/种间遗传距离上存在明显的条形码间隙，更适合进行物种进化分析。综上，构建的CYTB DNA条形码含有较多的遗传信息，结合COⅠ和16S基因进行马、驴不同水平的遗传多样性分析具有一定的可行性。