目的 明确北京地区儿童感染洋葱伯克霍尔德菌复合体(BCC)的流行趋势及BCC菌株的基因组和表型特征。方法 收集269份肺炎儿童的临床样本，同时采用分离培养和等温扩增快速筛查方法评估BCC的流行特征；通过系统进化分析、毒力基因筛查、毒力表型实验和耐药表型实验明确BCC菌株的基因组、毒力和耐药特征。结果 BCC的分离阳性率为1.12%,快速筛查方法的阳性率为2.60%。在3株分离株中，2株属于洋葱伯克霍尔德菌，携带更多的毒力基因，但细胞毒性较低，且耐药较为严重；1株属于越南伯克霍尔德菌，携带更少的毒力基因，但细胞毒性较高，且仅对1种抗生素耐药。2个菌种的毒力表型差异是否与基因katG有关，有待后续研究进一步探究。结论 本研究对北京地区近3年的儿童BCC感染情况进行了调查，并明确了BCC菌株的基因组、系统进化和表型特征，为BCC的预防控制提供了详实的基础数据支撑。