为探究低、中、高3个不同海拔梯度下喜马拉雅旱獭（Marmota himalayana）基因表达是否存在差异，筛选该物种与高原低氧及强紫外辐射环境适应的相关候选基因，采用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台对喜马拉雅旱獭肝脏组织进行无参转录组学分析，通过对质控后测序数据与参考基因组的比较分析，筛选差异表达基因后进行GO功能注释和KEGG富集分析。结果显示：乐都样品（低海拔组，LD）、玉树样品（高海拔组，YS）喜马拉雅旱獭肝脏组织中差异表达基因差异较大，刚察样品（中海拔组，GC）与其他两组间均具有较小的基因表达差异模式。上调表达基因在19个GO Terms和6个KEGG通路上有显著富集，氧化磷酸化相关基因（HiF-1α、MPKA3）、矿物质吸收及脂质代谢相关基因（PPARs）在高海拔组中呈现上调表达，推测这些基因可能直接或间接在喜马拉雅旱獭适应高海拔低氧等极端环境中，通过调整细胞代谢、提高氧化还原能力以及增强免疫反应来维持自身的生理功能和生存能力，为后续深入研究高原野生动物基因多样性以及喜马拉雅旱獭低氧适应性提供基因组学数据。