通过对来自北京动物园10只圈养猕猴（Macaca mulatta）和来自河南济源五龙口风景区10只处于野外近人环境中的猕猴的粪便微生物进行鸟枪法测序，分析两种不同环境下猕猴的肠道菌群组成和差异。结果表明：20份样品共检测出9个门、18个纲、22个目、31个科、46个属和226个种。通过分析发现，圈养和野外近人环境群体共享了绝大部分细菌（200种），但是近人环境群体相比于圈养群体，独有更多种类的微生物。圈养猕猴肠道微生物主要由厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和绿弯菌门（Chloroflexi）组成。处于野外近人环境中的猕猴肠道微生物主要由厚壁菌门、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门组成。圈养猕猴和近人猕猴属水平上的肠道微生物结构存在显著差异（p=0.001）。圈养猕猴和野外近人环境猕猴肠道菌群组成的多样性与差异，可为猕猴的圈养以及景区野生动物管理提供指导和理论基础。