东北虎（Panthera tigris altaica）是体型最大的猫科（Felidae）动物之一，是极具代表性的珍稀野生动物。现有研究表明，我国野生东北虎种群遗传多样性较低、近交水平较高。尽管目前我国野生东北虎的数量在逐步增长，但通过人工干预来提高野生东北虎的遗传多样性会更利于其数量的恢复，通过野化放归进行遗传拯救是一种关键策略，但实施遗传拯救之前，必须确定圈养个体与现存野生个体间的遗传关系。采用粪便DNA的高通量测序数据组装了51只横道河子圈养东北虎和13只完达山、老爷岭等地的野生东北虎的线粒体基因组，分析两者之间的关系，评估线粒体基因组的遗传多样性。结果表明：圈养东北虎的遗传多样性高于野生种群，所有遗传变异均为无害。部分圈养个体与野生种群同属一个进化支，且具有野生种群所不包含的遗传变异，可用于实施遗传拯救。此外，圈养种群存在显著的遗传分化，一个与当前野生种群关系很远的分支可能代表未知的地理种群，因此，建议对该远缘分支开展野外来源的追溯，确定其谱系地理学地位和保护价值，使其成为恢复野外历史遗传多样性的后备资源。