为研究南京地区宠物犬猫外耳道炎的病原种类，本试验对12份患有外耳道炎的犬猫耳分泌物样品进行显微镜检查，通过SDA培养基和改良Dixon培养基进行病原的分离纯化培养，并进行分子生物学鉴定、同源性分析与遗传进化分析。结果显示，共分离到10株细菌，其中5株为葡萄球菌，5株为芽胞杆菌；分离到5株真菌菌株，均为马拉色菌；分子生物学鉴定、同源性分析与遗传进化分析显示，细菌病原有伪中间型葡萄球菌和贝莱斯芽胞杆菌，真菌病原有厚皮马拉色菌。综上，目前南京地区宠物犬猫外耳道炎病原中，真菌性病原明确有厚皮马拉色菌，细菌病原明确有伪中间型葡萄球菌和贝莱斯芽胞杆菌。研究结果对南京地区宠物犬猫外耳道炎的预防与治疗具有一定的参考价值。