为了快速检测犬类动物呼吸道和消化道细菌的分布状况并研究其特性，选取南京警犬研究所部分患病警犬为试验对象，收集呼吸道、肠道分泌液，使用TaqMan探针-荧光定量PCR技术进行扩增鉴定，分离细菌后进行药敏试验、细菌侵染细胞试验并检测凋亡相关斑点样蛋白(ASC)的变化。结果表明：试验犬呼吸道内以β-内酰胺酶抗性基因菌、金黄色葡萄球菌、无乳链球菌为主要细菌，消化道内以大肠杆菌、β-内酰胺酶抗性基因菌、支原体为主流细菌；药敏试验表明肺炎克雷伯氏菌对头孢类抗生素敏感，无乳链球菌对多种抗生素敏感，经过无乳链球菌的侵染后的细胞凋亡率为4.08%,而经过肺炎克雷伯氏菌侵染后的细胞凋亡率为13.47%,侵染细胞后0～4 h炎症因子ASC显著上升。综上，TaqMan探针-荧光定量PCR技术可以快速检测出警犬呼吸道和肠道细菌，筛选出患犬呼吸道和肠道的主流菌，这些细菌对头孢类等抗生素敏感，可为兽医针对性地用药提供参考。