旨在运用现代生物信息学技术，评估湖羊群体的遗传结构，构建详细的系谱记录。通过对40只湖羊种公羊进行单核苷酸多态性(SNP)位点检测，基于检测结果进行遗传结构分析、主成分分析和进化树构建。结果：在40只种公羊中，共检测得到952 214个SNPs;平均核苷酸多样性在0.212 9～0.242 5之间，平均观测杂合度大于平均期望杂合度，遗传分化程度值在0.370 2～0.452 4之间；状态同源(IBS)遗传距离在0.173 9～0.228 0之间，平均为0.220 9;主成分分析和系统进化树的结果一致，最终可以将40只种公羊分为14个家系，湖羊群体中大部分个体间的亲缘关系较远，具有较高的遗传多样性和选择潜力。本研究在全基因组水平上，分析了湖羊种公羊的遗传结构和亲缘关系，完善了系谱记录，为湖羊场后续育种、配种等提供了科学依据。