张晓雯, 宣旭娴, 白云赫, 王霏, 吴伟民, 王壮伟, 董天宇, 张川, 房经贵, 王晨
南京农业大学学报. 2023, 46(05): 862-874.
[目的]本文旨在鉴定葡萄miR396家族成员(VvmiR396)及其靶基因VvGRF1,探究VvmiR396-VvGRF1在种子败育/发育中的作用模式。[方法]通过miR-RACE、RLM-RACE、PPM-RACE、烟草共转化活体验证等方法鉴定VvmiR396及其靶基因,利用生物信息学分析其潜在功能与进化保守性,利用RT-qPCR方法检测VvmiR396在有核和无核品种中的时空表达差异及VvmiR396-VvGRF1相关性差异。[结果]与葡萄品种‘魏可’相比,‘京可晶’花后28 d时种子发育被严重抑制,出现败育且种子萎缩,而‘魏可’种子正常发育。对VvmiR396a、VvmiR396b、VvmiR396c、VvmiR396d的前体及其成熟体序列进行鉴定,其前体均可形成典型的茎环结构,成熟体序列均位于茎环的5′臂上。VvmiR396与烟草、番茄等物种的同源序列亲缘关系较近,而与小麦的亲缘关系较远。预测到VvmiR396的8条潜在靶基因,利用RLM-RACE、PPM-RACE技术体外鉴定到VvGRF1和VvGRF10是VvmiR396的真实靶基因,且VvmiR396对VvGRF1的裂解位点及频度为10~(th)(19/22、5/25)/11~(th)(2/22、2/25),对VvGRF10的裂解位点及频度为9~(th)(17/21、3/20)/11~(th)(2/21、1/20);进一步利用烟草共转化体系对它们的裂解作用进行活体验证,发现VvmiR396对VvGRF1的裂解作用强于VvGRF10。同源保守性分析发现:VvGRF1与胡杨、毛白杨、荷花、烟草等物种的亲缘关系较近,且不同物种的GRF1蛋白均含有QLQ、WRC两个结构域;VvMIR396(VvmiR396的前体基因)和VvGRF1的启动子上都有多种激素(生长素、赤霉素、脱落酸等)响应元件。定量结果表明:在‘京可晶’种子败育过程中,VvmiR396的表达量逐渐升高,且在败育关键期(花后42 d)表达量最高,而VvGRF1呈现相反表达模式;在有核品种‘魏可’种子发育中,VvmiR396表达量呈下降趋势,在花后42 d表达量最低,靶基因的表达模式相反,表明VvmiR396可能介导VvGRF1正调控葡萄种子败育,而负调控种子的发育。进一步相关性分析发现,‘京可晶’种子败育中VvmiR396b与VvGRF1的负相关性最高。[结论]在假单性结实葡萄‘京可晶’中,鉴定到VvmiR396a、VvmiR396b、VvmiR396c、VvmiR396d共4个成员;VvmiR396b-VvGRF1可能是参与调控葡萄种胚败育的重要模块。