[目的]探究黏细菌Myxococcus sp. BS对烟稻轮作土壤真菌多样性和群落组装过程的调控，为烟稻轮作模式下通过施用黏细菌进行生防提供理论指导。[方法]以未处理(CK)、施用黏细菌菌剂(BS)和施用黏细菌+有机肥(BF)3个处理的烟稻轮作土壤为研究对象，采用高通量测序技术对烟稻轮作土壤真菌的群落多样性、组成、组装过程进行分析。[结果]添加黏细菌后，Chao1指数降低，Shannon指数升高。BS和BF群落相似度较高，CK与BS、BF群落相似度较低。添加黏细菌后，在门水平上，被孢霉门(Mortierellomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)和球囊菌门(Glomeromycota)的相对丰度降低；在属水平上，绿核菌属(Ustilaginoidea)和枝孢霉属(Cladosporium)的相对丰度增加，链格孢属(Alternaria)、腐质霉属(Humicola)和被孢霉属(Mortierella)的相对丰度逐渐降低。通过LEfSe分析可以得到不同处理间真菌丰度有显著差异的物种，即生物标记物种(biomarker),在CK中发生显著变化的真菌差异物种有7个，BS有5个，而BF有8个。3种土壤真菌群落组装过程均以随机性过程为主导，其中扩散限制贡献最大，且随机性过程贡献量在添加黏细菌后增加。[结论]向烟稻轮作土壤加入黏细菌后，改变土壤真菌群落组成和组装过程，并且使导致烟草赤星病和水稻褐变病的植物病原菌链格孢属(Alternaria)的相对丰度明显降低；与单独施用菌剂相比，以黏细菌配施有机肥效果更佳。