目的 亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)是一种参与叶酸代谢的酶，其基因多态性影响叶酸、甜菜碱等甲基供体营养素代谢，从而与卒中、肿瘤等慢性病发生风险有关。方法 本研究检索PubMed、Embase、Web of Science、Medline、中国知网、万方和Cochrane数据库2006年—2025年4月发表的MTHFR基因C677T和A1298C多态性与多种慢性疾病的Meta分析证据，对这些证据使用AMSTAR-2量表评估质量，同时采用GRADE评价和可信度评价对各结局指标的证据强度定级。结果 本研究根据纳入排除标准最后纳入39项系统综述和Meta分析，涉及ICD-10分类下的8种疾病，综合分析显示，GRADE评价在中等以上或可信度评价在B以上的4种基因模型中，C677T多态性与抑郁症(等位基因模型：OR=1.18,95%CI:1.13～1.24;显性模型：OR=1.16,95%CI:1.09～1.23;隐性模型：OR=1.42,95%CI:1.30～1.56;纯合子模型：OR=1.48,95%CI:1.34～1.63)、多囊卵巢综合征(等位基因模型：OR=1.35,95%CI:1.24～1.46;显性模型：OR=1.46,95%CI:1.30～1.64;隐性模型：OR=1.39,95%CI:1.19～1.62;纯合子模型：OR=1.63,95%CI:1.38～1.93)呈正相关，而与口腔癌(等位基因模型：OR=0.24,95%CI:0.22～0.26;显性模型：OR=0.14,95%CI:0.12～0.16;隐性模型：OR=0.31,95%CI:0.28～0.35;纯合子模型：OR=0.14,95%CI:0.12～0.16)呈负相关。A1298C多态性与多囊卵巢综合征(等位基因模型：OR=1.93,95%CI:1.67～2.21;显性模型：OR=1.93,95%CI:1.64～2.27;隐性模型：OR=3.72,95%CI:2.47～5.61;纯合子模型：OR=4.38,95%CI:2.90～6.62)呈正相关。结论 MTHFR C677T和A1298C多态性与慢性病存在显著关联，这一发现为慢性非传染性疾病精准预防提供了重要依据。