影响鸟类肠道寄生虫种类的因素包括宿主、饮食习性和栖息地等，然而这些因素均由宿主特定的生态位决定。为研究不同生态位对鸟类肠道寄生虫种类的影响，通过18S r RNA高通量测序技术对东北地区石鸡（Alectoris chukar）、红尾斑鸫（Turdus naumanni）和金鸻（Pluvialis fulva）3种不同生态位的野生鸟类肠道寄生虫进行研究。研究样本共61只个体，包括25只石鸡、12只红尾斑鸫和24只金鸻，采集全部个体直肠内粪样用于高通量测序，同时剖检12只石鸡检查鸡异刺线虫（Heterakis gallinarum）。结果显示：61只鸟类个体寄生虫总检出率为60.66%,3种鸟类肠道寄生虫检出率相近；共检出21种寄生虫，其中原虫15种，蠕虫6种；3种鸟类肠道寄生虫种类差异显著，石鸡、红尾斑鸫和金鸻肠道寄生虫种类分别为6、11、5种，除石鸡和红尾斑鸫均检出同一种簇虫（Gregarina caledia）外，其他寄生虫种类均为每种鸟类独有。此外，在剖检的12只石鸡中，在7只个体盲肠内检出同一种蠕虫，经形态学和分子生物学鉴定，确定为鸡异刺线虫，并利用特异性引物检出鸡四毛滴虫（Tetratrichomonas gallinarum），剖检和鉴定结果与18S r RNA高通量测序结果相符。研究结果表明，3种野生鸟类肠道寄生虫感染情况较普遍。本研究填补了这3种鸟类肠道感染寄生虫的数据，可为研究不同生态位鸟类肠道寄生虫的感染情况提供借鉴。