为优化穿山甲的分子鉴定方法，采用9种穿山甲54条Cyt b基因完整序列，评估了MEGA11软件中的7种模型和23种碱基替换类型所估算的遗传距离的物种分辨率、Cyt b基因全序列及各区域鉴别力。结果表明：K2P模型和p-distance模型基于颠换（T_V）计算的遗传距离具有最优的物种分辨率；Cyt b基因全序列有较好的物种鉴别能力，其中，第301～400号和第851～950号的2个碱基序位片段组合时具有最高的物种分辨率，是鉴别9种穿山甲的最佳理论区段。现有的方法中推荐使用Kocher等的引物。今后在研发中采用多重PCR结合高通量测序对多片段组合进行分析，将会提高穿山甲的鉴别力。