小飞鼠（Pteromys volans）为树栖夜行滑行类啮齿动物，过去不合理的森林采伐已导致其生存受到一定威胁，亟需对其种群的遗传变化，特别是遗传多样性和近交衰退等种群遗传信息开展进一步评价，增强保护与管理的针对性。利用微卫星分子标记对黑龙江省南部4个小飞鼠种群进行遗传多样性分析。结果显示：8个微卫星位点检测出种群平均等位基因数为12.9(12.0～14.4)个，有效等位基因数为8.6(8.1～8.8)个，观测杂合度为0.887(0.832～0.925)，期望杂合度为0.872(0.865～0.876)，近交系数为-0.018（-0.066～0.046）。结果表明：小飞鼠种群遗传多样性丰富，其中，苇河种群遗传多样性最高，穆棱种群次之，方正和宾县种群较低。种群历史数量的下降与分布区的隔离影响着各局域种群的遗传多样性格局。种群内高比例的稀有等位基因显示，未来小飞鼠种群存在遗传多样性下降的风险。检测到近期方正和宾县种群存在遗传瓶颈效应与近亲繁殖情况。建议加大对小飞鼠的关注和保护力度，开展栖息地修复和生态廊道构建，从而实现该物种的种群增长与扩散。