为进一步丰富北京雨燕（Apus apus pekinensis）基因组数据，采用Illumina NovaSeq6000测序平台对其肌肉、肺脏、心脏及血液转录组进行测序。结果显示：经质控后得到32.80 Gb的clean data数据，通过Trinity组装后，运用生物信息学方法与相关数据库比对，得到15295个（71.3%）有功能注释的unigenes。使用StringTie软件对mapped reads进行拼接后与参考基因组比对，共发掘6 700个新基因。共13 869条unigenes在GO数据库中获得注释，分类到3大类45个功能；有10 451条unigenes被归纳到KOG数据库25个直系同源功能类型；有13 339条unigenes在KEGG得到6大类50小类代谢通路注释。各个组织间差异基因分析显示，肺脏基因表达量数目最多，血液和肌肉差异表达基因数目最多，达5 281个，肺脏和血液差异表达基因数目最少，仅249个，分析结果有助于进一步了解雨燕在飞行中的器官功能和代谢调控。研究结果为进一步挖掘雨燕功能基因、分析群体遗传多样性以及探究雨燕能量代谢等方面研究提供参考资料。