肠道寄生虫可作为反映宿主生存状态的指标，为了解梵净山同域分布黔金丝猴（Rhinopithecus brelichi）和藏酋猴（Macaca thibetana）的肠道寄生虫组成，基于18S rRNA高通量测序技术对采集的42份冬季粪便样本进行鉴定。结果表明：共获得44个属于寄生虫类群的ASVs，归属于10门26属；二者的肠道寄生虫主要由线虫动物门（Nematoda）组成，其中，鞭虫属（Trichuris）线虫为黔金丝猴的主要寄生类群，鞭虫属和宫脂线虫属（Hysterothylacium）线虫为藏酋猴的主要寄生类群；藏酋猴肠道寄生虫α多样性（Shannon、Simpson和Richness指数）均高于黔金丝猴，但未达到显著水平，β多样性分析发现二者肠道寄生虫组成差异显著（R=0.406, P <0.05）;PICRUSt功能预测分析表明二者肠道寄生虫功能基因在Level 1水平上主要与生物合成、前体代谢物和能量的产生有关，且二者差异显著（P <0.05），在Level 2水平上与28类代谢通路相关，其中6类具有显著性差异；代谢通路物种组成差异分析表明，在属级分层上有14属与28类Level 2代谢通路相关联，每条代谢通路可由多种物种共同协作完成，并发挥不同程度的作用。本研究初步了解了梵净山同域分布黔金丝猴和藏酋猴的肠道寄生虫组成和功能，可为后续研究肠道寄生虫对宿主的影响及野生和圈养非人灵长类动物的保护提供思路。