为了掌握鄱阳湖周边农田生境中越冬白鹤（Leucogeranus leucogeranus）和鸿雁（Anser cygnoides）的肠道微生物多样性，利用高通量测序技术，对来自五星垦殖场和康山垦殖场的200份白鹤、鸿雁粪便样品进行检测。结果表明：厚壁菌门（Firmicutes）是白鹤肠道菌群的绝对优势菌门，厚壁菌门和变形菌门（Proteobacteria）是鸿雁肠道菌群的绝对优势菌门，白鹤肠道菌群多样性低于鸿雁，且二者肠道菌群结构存在显著差异。白鹤和鸿雁共携带184种病原菌，包括动物病原菌、人兽共患病病原菌和植物病原菌。白鹤携带的病原菌种类和数量均少于鸿雁，其中解没食子酸链球菌巴氏亚种（Streptococcus gallolyticus subsp. pasteurianus）、粪肠球菌（Enterococcus faecium）和铅黄肠球菌（E. casseliflavus）是白鹤和鸿雁携带的主要病原菌。研究结果为了解鄱阳湖越冬候鸟肠道微生物结构提供了依据，并对制定越冬候鸟保护管理策略具有一定的参考价值和现实意义。