为探究食物主要营养成分对花鼠（Tamias sibiricus）肠道菌群结构的影响，以人工饲料饲喂花鼠，以野外自由取食为对照，通过粪便采样，以16S r RNA高通量测序分析花鼠肠道菌群组成。依据食物来源和饲料中脂肪、淀粉含量的不同，将被饲喂的花鼠分为野外组、脂肪组、淀粉组和饲料组。结果显示：不同饲喂条件下，花鼠肠道菌群的优势菌门均为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和变形菌门（Proteobacteria），优势菌属为Muribaculaceae＿norank和联合乳杆菌属（Ligilactobacillus）。多样性分析显示，野外组肠道菌群物种丰度和多样性较高，但野外组与淀粉组菌群组成相似度较高。相关性分析表明，厚壁菌门与粗蛋白含量呈显著正相关，拟杆菌门与淀粉和粗纤维含量呈显著正相关、与粗脂肪含量呈显著负相关，放线菌门（Actinobacteria）与粗蛋白含量呈显著正相关。研究表明食物成分变化影响了花鼠肠道菌群的组成、结构和丰富度；食物主要营养成分与特定菌群存在显著相关性。