为探究鹿源彭氏变形杆菌（Proteus penneri）致病及耐药机制，利用二代测序技术对从云南野生动物园病死梅花鹿（Cervus nippon）肺组织中分离鉴定出的1株彭氏变形杆菌F2d株进行基因组测序，将获得的F2d株基因组序列注释到毒力因子、耐药基因和代谢通路等数据库中。毒力因子数据库注释结果显示，菌株含黏附、营养代谢、运动和免疫调节等类型毒力因子；耐药基因数据库注释结果显示，F2d株对β-内酰胺类、四环素类、黏菌素类和磺胺类等多种抗生素耐药，并且携带多种抗生素外排机制编码基因；代谢通路数据库注释结果显示，注释的基因富集在42个通路上，其中新陈代谢相关注释的基因数量最多，共有2 250个基因分布在12个通路上。利用基因组测序技术分析鹿源彭氏杆菌F2d株致病性、耐药情况及代谢特点，可为预防彭氏变形杆菌感染和相关药物的研发提供理论依据。