近些年，江西桃红岭梅花鹿国家级自然保护区植被正向演替明显，大量梅花鹿（Cervus nippon）开始向保护区外围扩散和聚集，调查桃红岭梅花鹿潜在病原携带情况，有利于掌握其种群健康状况，进而制定精确的保护管理对策，因此在该保护区不同区域（核心区、缓冲区和实验区）采集梅花鹿新鲜粪便样品，并基于宏基因组测序技术分析其病原携带情况。结果表明：桃红岭梅花鹿携带病原微生物包括细菌、真菌、放线菌、支原体、衣原体和螺旋体，共34属63种，其中包含大量人兽共患病病原；病原丰度最高的5个属分别是拟梭菌属（Clostridioides）、李斯特菌属（Listeria）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）、志贺氏菌属（Shigella）和沙门氏菌属（Salmonella），丰度最高的5个种分别是艰难拟梭菌（Clostridioides difficile）、单核增生李斯特氏菌（Listeria monocytogenes）、肺炎克雷伯氏菌（Klebsiella pneumoniae）、肠炎沙门氏菌（Salmonella enteritidis）和福氏志贺氏菌（Shigella flexneri）；不同研究区域中，核心区梅花鹿携带病原数量显著低于缓冲区和实验区。以上结果表明，桃红岭梅花鹿携带有多种病原，存在一定疫病发生风险。建议在保护区核心区积极开展栖息地矮化工作，同时开展高危病原的持续性监测及预警，并加强对保护区外围扩散梅花鹿种群的保护管理。