为提供鼠耳蝠属（Myotis）蝙蝠类遗传及进化分子水平的证据，通过高通量测序法对新疆布尔根河狸国家级自然保护区栖息的狭耳鼠耳蝠（M. blythii）线粒体基因组全序列进行测定和分析。结果显示：狭耳鼠耳蝠线粒体基因组总长为16 752 bp，总碱基组成为33.8%A、30.4%T、22.7%C和13.1%G；线粒体基因组由13个蛋白质编码基因、2个r RNA(12S和16S)基因、22个t RNA基因和1个非编码控制区组成；控制区基因长度为948 bp，比大鼠耳蝠（M. myotis）等姊妹物种短很多；与从NCBI下载的其他鼠耳蝠属蝙蝠线粒体基因组序列的系统发育分析比较，狭耳鼠耳蝠与大鼠耳蝠亲缘关系最近。研究结果丰富了鼠耳蝠属线粒体基因组信息，明确了新疆狭耳鼠耳蝠在鼠耳蝠属内的系统进化地位和亲缘关系，为蝙蝠科（Vespertilionidae）系统分子进化和后续研究提供基础数据。