利用13个微卫星位点对4个地理种群的辽宁爪鲵（Onychodactylus zhaoermii）进行遗传多样性及空间遗传结构研究，结果表明：230个样本中共检测到69个等位基因，各种群的差异等位基因数（Na）为1.538～4.462，遗传多样性较低。除本溪县新开村种群（PopⅣ）外，岫岩县华山村（PopⅠ）种群、辽阳县鸡爪村（PopⅡ）种群、辽阳县韩家村（PopⅢ）种群间无显著遗传分化，遗传变异主要来源于种群内部。在以水系划分种群时，表现出一定的遗传差异。在采样位点直线距离小于500 m时，辽宁爪鲵个体间具有较高的遗传相似性。4个种群之间存在3个屏障，结合地理因素，PopⅣ与其他3个种群之间形成了显著的地理阻隔，建议将各地理种群确立为一个管理单元，加强栖息地保护，减少生境片段化对辽宁爪鲵野生资源的影响。