基于ceRNA芯片研究帕金森病患者血浆长链非编码RNA表达谱并验证lnc-CTSD-5∶1在PD细胞模型中的作用

任自敬, 周佩洋, 田静

南方医科大学学报 ›› 2024, Vol. 44 ›› Issue (11) : 2146-2155.

基于ceRNA芯片研究帕金森病患者血浆长链非编码RNA表达谱并验证lnc-CTSD-5∶1在PD细胞模型中的作用

  • 任自敬, 周佩洋, 田静
作者信息 +
History +

摘要

目的 探索外周血浆中与帕金森病(PD)诊疗相关的关键基因和长链非编码RNA(lncRNA)。方法 收集6例PD患者和6例健康对照者的外周血血浆样本。采用竞争性内源性RNA(ceRNA)芯片技术检测mRNA和lncRNA的表达,运用生物信息学方法对差异表达的基因进行分析。将DElncRNAs上游或下游10 kb内转录的DEmRNAs定义为DElncRNAs潜在的可顺式调控的靶基因。构建PD特异性蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用差异lncRNAs与mRNA及已知的microRNA构建ceRNA网络。采用MPP+处理SH-SY5Y细胞建立PD细胞模型,验证关键lncRNA的功能。结果 PD患者与健康对照者间有316个基因和986个lncRNA的表达存在差异(P<0.05)。通过GO和KEGG富集分析对差异表达的mRNA和lncRNA潜在的可顺式调控的靶基因进行了功能注释,预测了差异表达的mRNA和lncRNAs与microRNA的靶向关系,并根据差异表达的lncRNA的上调或下调分别构建了ceRNA网络。基于网络分析,推测lnc-MTG2-1∶1、lnc-CTSD-5∶1、lnc-PCCA-3∶1、lnc-VTCN1-3∶1、lncZNF25-7∶1和lnc-DAZ3-1∶1可能是PD的关键lncRNA。在MPP+诱导的PD细胞模型中,lnc-CTSD-5∶1的表达变化最显著(P<0.01),且其沉默有助于恢复酪氨酸羟化酶的蛋白表达水平。结论 PD患者血浆中的lncRNA表达模式发生改变,本研究发现了新的DEGs和DElncRNAs,为探索PD的发病机制和开发潜在的生物标志物提供了新的线索。

关键词

帕金森病 / 血浆 / 长链非编码RNA / 生物信息学分析 / 酪氨酸羟化酶

中图分类号

R742.5

引用本文

导出引用
任自敬, 周佩洋, 田静. 基于ceRNA芯片研究帕金森病患者血浆长链非编码RNA表达谱并验证lnc-CTSD-5∶1在PD细胞模型中的作用. 南方医科大学学报. 2024, 44(11): 2146-2155

基金

湖北省科技计划重点研究专项(2023BCB140); 湖北省自然科学基金(2022CFB341); 襄阳市第一人民医院创新科技项目(XYY2023QT09)

评论

Accesses

Citation

Detail

段落导航
相关文章

/