早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白相互作用的生物信息学分析与验证

成佳聪, 李智慧, 刘鳐, 李成, 黄鑫, 田颖鑫, 沈富兵

南方医科大学学报 ›› 2024, Vol. 44 ›› Issue (01) : 179-186.

早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白相互作用的生物信息学分析与验证

  • 成佳聪, 李智慧, 刘鳐, 李成, 黄鑫, 田颖鑫, 沈富兵
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摘要

目的 通过生物信息学方法预测早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白的相互作用,并通过免疫共沉淀方法进行实验验证。方法 使用Rosetta软件,采用比较建模的方法,构建TAB1蛋白的三维模型;在PDB数据库中检索PML蛋白二级结构,并解析其晶体结构和三维结构。Zdock3.0.2软件进行PML与TAB1的蛋白-蛋白对接,并提取最佳构象进行对接模型的分子结构分析。α-MMC处理的M1炎性巨噬细胞,利用免疫共沉淀技术检测两种蛋白的相互作用。结果 以PML的6IMQ为对接部位时,PML蛋白与TAB1蛋白能形成3个盐桥、6个氢键和6个疏水作用;以PML的5YUF为对接部位时,PML蛋白与TAB1蛋白能形成1个氢键、3个静电相互作用和9个疏水作用,两种对接模式皆能形成良好的分子对接和相互作用;在α-MMC处理4 h后,其PML-IP组的细胞裂解沉淀液中分别能检测到显著的PML和TAB1阳性蛋白条带。结论 PML蛋白与TAB1蛋白能发生较强的相互作用。

关键词

TAB1蛋白 / PML蛋白 / 生物信息学 / 蛋白-蛋白对接 / 免疫共沉淀

中图分类号

R733.7

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成佳聪, 李智慧, 刘鳐, 李成, 黄鑫, 田颖鑫, 沈富兵. 早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白相互作用的生物信息学分析与验证. 南方医科大学学报. 2024, 44(01): 179-186

基金

四川省科技厅重点研发项目(2018SZ0016,2019YFS0307,2021YFS0053); 成都医学院自然科学基金(CYZYB22-04);成都医学院检验医学院自然科学基金(JYZK202201)

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