益气化瘀解毒方治疗慢性阻塞性肺疾病网络药理学及生物信息学研究

陈瑜, 李雁, 刘通, 曾燕鹏

辽宁中医药大学学报 ›› 2024, Vol. 26 ›› Issue (03) : 160-167+221. DOI: 10.13194/j.issn.1673-842x.2024.03.035

益气化瘀解毒方治疗慢性阻塞性肺疾病网络药理学及生物信息学研究

  • 陈瑜, 李雁, 刘通, 曾燕鹏
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摘要

目的 通过网络药理学及生物信息学技术探讨益气化瘀解毒方治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)潜在作用机制。方法 采用TCMSP和TCMIP数据库检索益气化瘀解毒方的活性成分及靶点;经GeneCards、TTD、DrugBank、OMIM、DisGeNET数据库等筛选COPD疾病靶点,并于基因表达综合数据库(GEO)中下载并分析芯片GSE130928和GSE5058数据集,筛选出COPD患者与健康人的差异基因;运用Venny2.1平台获取益气化瘀解毒方与疾病的交集靶点,导入Cytoscape3.9.1软件分析益气化瘀解毒方治疗COPD的核心活性成分;通过STRING数据库构建PPI网络并得出该网络的核心靶点;借助Metascape数据库对共同靶点及差异基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析;运用Autodock Tools和Pymol软件将核心靶点蛋白与核心活性成分进行分子对接加以验证。结果 该研究共得到益气化瘀解毒方176种活性成分,中药靶点478个,疾病靶点15 256个,关键“方-病”靶点400个;益气化瘀解毒方治疗COPD的核心活性成分包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、黄芩黄酮Ⅱ、异鼠李素等;PPI网络中潜在核心靶点有MAPK3、AKT1、TP53、MAPK1、HSP90AA1、JUN等;GO富集分析得到生物学过程1154个、细胞组成137个和分子功能135个,条目主要分布于氧化应激、营养代谢、细胞膜结构及蛋白结合活性等内容;KEGG通路富集分析主要涉及AGE-RAGE、cAMP、NF-κB信号通路等,与炎症、氧化应激、新陈代谢关系密切。分子对接结果均显示结合所需能量较低,亲和力较强,能形成稳定构象。结论 研究初步探讨了益气化瘀解毒方治疗COPD的潜在作用机制,表明该方具有多成分、多靶点、多通路的药效特点,将为今后相关研究提供新的思路和依据。

关键词

益气化瘀解毒方 / 慢性阻塞性肺疾病 / 网络药理学 / 生物信息学 / 分子对接

中图分类号

R285

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陈瑜, 李雁, 刘通, 曾燕鹏. 益气化瘀解毒方治疗慢性阻塞性肺疾病网络药理学及生物信息学研究. 辽宁中医药大学学报. 2024, 26(03): 160-167+221 https://doi.org/10.13194/j.issn.1673-842x.2024.03.035

基金

北京中医药薪火传承3+3工程室站建设项目(2016-SZ-B-34); 北京中医药大学东直门医院横向课题(HX-DZM-2017019,HX-DZM-202114)

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