孙思邈在《备急千金要方》的目录编排上独具匠心，将疾病归纳为外感疾病、脏腑疾病和杂治诸病三大门类，既反映了他对三类疾病病因、病机的独到见解，也蕴含着深邃的哲学思想。其中外感病得之于六气，六气本于天，为天为阳，三因之中属于外因，其中中风为阳中之阳，伤寒为阳中之阴。内伤病发于脏腑，在里，属阴，法地，三因之中属于内因，又根据五脏所主分为五行。杂治诸病则往往介于内外之间，得之于外，但又不是六气所伤，为中，为人，三因之中属于不内外因。这种三分的思路上承《道德经》“三生万物”和《太玄经》“三进制”思想，经由《金匮要略》“三因说”引入医学领域，又曾被道教吸收，演化为道教经典分类的“三洞四辅”体系。孙思邈学贯百家，将“三”的思想贯穿全书。通过对《备急千金要方》中“三”的解读将有助于我们从宏观角度理解孙思邈及其著作。