采用PCR产物直接测序法检测四川牦牛过氧化物酶增殖激活受体γ辅激活因子-1β(peroxisome proliferator-activated receptor gamma, coactivator 1 beta, PPARGC1B)基因SNP位点，同时通过PCR扩增和测序获得四川牦牛PPARGC1B基因编码区，并对编码蛋白和mRNA二级结构进行了生物信息学预测分析。结果显示，本试验通过四川牦牛PPARGC1B基因的单核苷酸多态性检测结果，筛选出E9-189 A→C、E9-387 G→A、E9-542 C→T和E9-554 T→C共4个外显子SNP突变位点，其中E9-387 G→A和E9-554 T→C位点与四川牦牛肉品质性状中的剪切力和背膘厚具有显著相关性；对4个突变位点的生物信息学分析结果显示，PPARGC1B蛋白属于酸性、不稳定、非跨膜和非分泌型亲水蛋白，有卷曲螺旋结构，不存在信号肽和跨膜区域，主要在细胞核中发挥生物学作用，有106个磷酸化位点和1个糖基化位点，1个保守结构RRM结构，二级结构主要α-螺旋和无规则卷曲为主；PPARGC1B基因突变前后蛋白结构未发生变化，mRNA二级结构出现了显著差异。结果表明，PPARGC1B基因SNP位点可作为影响四川牦牛肉品质性状的分子标记，并应用于肉牛的标记辅助选择，同时对PPARGC1B基因相关SNP位点的生物信息学分析也为深入探讨该基因的生物学功能奠定基础。