基于RAA-CRISPR/Cas13a的禽流感病毒检测方法的建立

乐翔云, 冯之航, 樊彦莉, 张强, 蔡一村, 熊炜, 王翔, 董庆利, 李健, 薛俊欣, 王艳

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中国兽医学报 ›› 2024, Vol. 44 ›› Issue (10) : 2153-2158+2171. DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2024.10.10

基于RAA-CRISPR/Cas13a的禽流感病毒检测方法的建立

  • 乐翔云, 冯之航, 樊彦莉, 张强, 蔡一村, 熊炜, 王翔, 董庆利, 李健, 薛俊欣, 王艳
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摘要

对NCBI文库公布的120条不同亚型禽流感病毒的M基因序列进行分析,筛选得到一处高保守片段并进行重组酶介导等温核酸扩增(recombinase-aided amplification, RAA)引物和crRNA的设计。待测样品先进行RAA核酸扩增,再将扩增产物转移至有规律成簇间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)/Cas13a检测体系中,通过监测该体系中荧光值的变化情况进行结果判定。使用梯度稀释(10~6~10~0拷贝/μL)的标准阳性质粒以及其他7种禽病病毒验证方法的灵敏度和特异性,并利用本试验所建方法和国标荧光RT-PCR方法对50份临床样品(21份阳性样品、29份阴性样品)进行检测以评价方法的检测性能。结果显示,本试验建立的检测方法灵敏度为10~2拷贝/μL,较普通RAA方法灵敏度提高了2个数量级;能特异性检出AIV,不与NDV、IBV、ILTV、IBDV、ALV、AMPV、AAV-1发生交叉反应;与国标荧光RT-PCR方法相比,该方法检测的特异性、准确性和一致性分别为100%、95.24%和98.00%。结果表明,本试验建立了检测AIV通用型的RAA-CRISPR/Cas13a快速诊断技术,其在37℃条件下60 min内即可完成检测,具有快速、灵敏、特异等优势,为AIV的现场快速检测提供了手段。

关键词

禽流感病毒 / RAA / CRISPR/Cas13a

中图分类号

S852.65

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乐翔云, 冯之航, 樊彦莉, 张强, 蔡一村, 熊炜, 王翔, 董庆利, 李健, 薛俊欣, 王艳. 基于RAA-CRISPR/Cas13a的禽流感病毒检测方法的建立. 中国兽医学报. 2024, 44(10): 2153-2158+2171 https://doi.org/10.16303/j.cnki.1005-4545.2024.10.10

基金

上海市“科技创新行动计划”技术标准资助项目(20DZ2200100);上海市“科技创新行动计划”农业科技领域资助项目(22N31900200)

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