基于建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法，检测新疆部分地区家畜血清样品中流行性乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV)的流行情况。利用PCR扩增JEV毒株的E基因片段，将其克隆到pEASY-Blunt载体，构建重组质粒，建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法，并验证其灵敏度、特异性和重复性。收集2021-2022年新疆哈密、阿勒泰、伊犁、阿克苏、喀什地区家畜血清样品，应用建立的检测方法进行检测并分析阳性率，以监测新疆地区JEV在家畜中的流行情况。结果显示，建立的检测方法呈良好的线性关系，检测区间在4.03×10～2～4.03×10～9拷贝/μL,相关系数为0.995,斜率为-3.431,灵敏度下限极值为4.03×10～2拷贝/μL。该方法用于检测寨卡病毒(Zika virus, ZIKV)、登革病毒(Dengue virus, DENV)未出现特异性扩增。重复性的组内变异系数为0.53%～1.27%,组间变异系数为0.48%～1.43%。使用本方法检测2021-2022年新疆地区家畜血清样品，总阳性率为3.11%,其中马、牛和羊中的阳性检出率分别为2.35%、5.26%和3.74%,鉴定为基因Ⅰ型JEV。结果表明，建立了基因Ⅰ型JEV的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法，新疆地区马、牛、羊血清中均检测到JEV,总阳性率为3.11%。