为了解山东省H9N2亚型禽流感病毒（avian influenza virus, AIV）流行及遗传变异情况，采用H9亚型AIV荧光定量RT-PCR方法对采集自山东部分地区有呼吸道症状养鸡场的492份鸡气管和肺脏组织样品进行检测，并对检测出的阳性样品进行鸡胚接种，利用Illumina Miseq测序平台将分离株进行全基因组测序，并构建了进化树，分析了与流感病毒传播能力及致病性相关的关键氨基酸位点的特征。结果显示，492份样品中有72份为H9亚型AIV阳性，阳性率14.63%,阳性样品经鸡胚传代后获得34株H9亚型AIV,通过全基因组测序后分析可得34株分离株均为H9N2亚型AIV。通过HA和NA基因进化树分析，34株分离株HA基因均属于Y280-like分支，NA基因均属于F/98-like分支，在此分支基础上，均存在明显的时间节点小分支，一支为“2013年以前分离株”分支，一支为“2013年以后分离株”分支。分离株HA裂解位点均为³²⁵PSRSSR↓GLF³³³,符合低致病性AIV特征，所有病毒均发生了Q²²⁶L具有结合哺乳动物α-2,6受体的能力的氨基酸位点突变。内部基因哺乳动物适应性关键氨基酸位点中，所有病毒PB1蛋白发生了I³⁶⁸V增强病毒在哺乳动物传播能力的氨基酸位点突变，部分毒株PB2蛋白发生I²⁹²V和A⁵⁸⁸V哺乳动物适应性增强的氨基酸位点突变。结果表明，山东省H9N2亚型AIV各基因节段存在不同程度的重组和基因变异情况，需加强病毒变异监测。