为了解黄芩苷干扰禽传染性支气管炎病毒(IBV)感染鸡胚肾(CEK)细胞内复制前后细胞基因表达的差异性及表达情况，进一步揭示和分析黄芩苷体外干扰IBV在CEK细胞内复制的作用机制，IBV感染CEK细胞2 h后，加入9.75 mg/L的黄芩苷药液进行干扰，为黄芩苷(H-IBV)组，同时设立细胞对照(Cell)组和IBV感染(IBV)组各3个复孔，培养36 h后收集细胞样品进行有参转录组测序。结果H-IBV组与IBV组相比共有102个显著差异表达基因，其中显著上调基因48个，显著下调基因54个；通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库中的功能注释和通路富集发现，差异表达基因主要注释在细胞过程、生物调节、代谢等生物过程和病毒性传染病、信号转导与相互作用等二级通路中，其中CEK细胞内视黄醇代谢通路、磷脂转移到膜、IL-27介导的信号通路、MDA5/RIG-I和Toll样受体信号通路均显著富集，并且Ⅰ型干扰素及干扰素α的产生、抗病毒感染过程也均得到了正向调节，富集到核酸催化、免疫系统与反应和生物间相互反应的差异基因数较多；通过STRING网络互作图发现大部分免疫相关基因能够组成一个有36个节点且以IRF7、TLR3、STAT1为中心的相互作用网络。故黄芩苷作用后与IBV组对比的差异表达基因主要注释和富集在生物过程中，免疫系统与反应也被加强，通过正向调节MDA5/RIG-I受体信号通路中的IRF7和抑制Toll样受体信号通路中的TLR3信号转导为主，正调IL-27介导的通路和调控JAK-STAT等信号通路为辅，激活IRF7、TLR3、STAT等相关基因并且与对应的下游蛋白相互作用，促进IFN-α和调控细胞因子的表达，再加上对病毒的(防御)反应和病毒过程的负调控，从而起到干扰IBV在CEK细胞内复制的作用。