目的 了解南京市水痘的发病趋势，探究防控的重点地区，比较SaTScan与FleXScan法在空间聚集性研究中的差异和应用效果。方法 利用R 4.2.0开展乡镇/街道水痘报告发病率全局空间自相关分析，计算Moran′s I。分别利用SaTScan 9.4.1和FleXScan 3.1.2软件进行空间聚集性扫描，并对扫描结果进行比较分析。结果 自2017年纳入丙类管理之后，南京市水痘报告发病水平快速上升，2019年报告18 635例，无死亡病例报告，报告发病率为220.89/10万。全局空间自相关分析Moran′s I=0.20(Z=3.48,P<0.05)。SaTScan法和FleXScan法分别探测到10个(25个街道)和7个(24个街道)空间聚集区域(P均<0.05),发生聚集的街道范围基本一致，除南部高淳区的淳溪街道、古柏和溧水区的永阳街道外，其他聚集区域都分布于主城区周围的城郊地区，但聚集区域形状和每个聚集区域覆盖的街道有较大差异，SaTScan法聚集区覆盖了部分实际发病水平较低的街道，还将每个形状不规则的聚集区域探测为2个聚集区域。结论 建议将水痘纳入法定传染病进行报告管理。南京市水痘存在空间聚集性，两种方法均可在实践中选择使用，但FleXScan法更合理准确。