基于自动编码器降维的Cox神经网络扩展模型在肺腺癌组学数据中的应用

张永超, 兰宁, 李淼, 张云飞, 赵晋芳, 罗天娥

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中国卫生统计 ›› 2024, Vol. 41 ›› Issue (01) : 156-160.

基于自动编码器降维的Cox神经网络扩展模型在肺腺癌组学数据中的应用

  • 张永超, 兰宁, 李淼, 张云飞, 赵晋芳, 罗天娥
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摘要

目的 在自动编码器对肺腺癌基因表达组学数据进行降维的基础上,构建Cox的神经网络扩展模型,从而对肺腺癌患者预后进行预测。方法 首先通过两种无监督学习方法:自动编码器和主成分分析分别对肺腺癌的基因表达数据进行降维,然后构建Cox-nnet模型,并与DeepSurv模型进行比较,从中选择预测性能较好的方法来识别肺腺癌的高低危患者。结果 在TCGA与GEO两个数据集中,基于自动编码器降维后的Cox-nnet模型均有较好的一致性指数与AUC值,且高低预后两组患者的生存率都具有统计学差异。结论 自动编码器比主成分分析更适用于基因表达数据的无监督降维,且经自动编码器降维后的Cox-nnet模型拥有较好的预测性能,可以明显地区分肺腺癌的高低危患者,为肺腺癌的预后研究提供科学依据。

关键词

肺腺癌 / 主成分分析 / 自动编码器 / Cox-nnet / 预后预测

中图分类号

R734.2

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张永超, 兰宁, 李淼, 张云飞, 赵晋芳, 罗天娥. 基于自动编码器降维的Cox神经网络扩展模型在肺腺癌组学数据中的应用. 中国卫生统计. 2024, 41(01): 156-160

基金

山西省自然科学基金(201801D121210)

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