棉蚜(Aphis gossypii Glover)是种内种群分化明显的重要农业害虫,种群分化给棉蚜生物学及分子生物学的研究带来挑战。通过高通量数据比对,从棉花型和黄瓜型棉蚜线粒体基因组中鉴定出一段包含多态性位点的区域,该区域位于线粒体Cyt b基因上,命名为Hap577。与其他蚜虫相比,棉蚜中Hap577包含的多态型位点具特异性。采集自7种不同寄主的1 031个棉蚜样品,基于Hap577鉴定出60个棉蚜单倍型(Hap1-Hap60),其中87.9%为Hap1、Hap3、Hap4和Hap17;采自西葫芦和黄瓜上棉蚜的单倍型92.2%为Hap1、Hap3、Hap4和Hap17;采自花椒、木槿、石榴和棉花上棉蚜的单倍型87.1%为Hap1和Hap4;采自甜瓜上棉蚜的单倍型69.8%为Hap3。对53个发布在NCBI数据库的棉蚜转录组数据进行分析,鉴定出其单倍型与采集寄主的对应关系与上述研究结果一致。这一研究建立了基于稳定多态性位点对棉蚜进行种群划分的分子标记方法,可为探索不同种群棉蚜发生规律、抗药性机制及植物抗虫机制奠定基础。