荞麦NRAMP基因家族鉴定及生物信息学分析

张乐晶, 王亚娟, 程远芳, 王斌, 王佩瑾

扬州大学学报(农业与生命科学版) ›› 2024, Vol. 45 ›› Issue (03) : 36-43. DOI: 10.16872/j.cnki.1671-4652.2024.03.004

荞麦NRAMP基因家族鉴定及生物信息学分析

  • 张乐晶, 王亚娟, 程远芳, 王斌, 王佩瑾
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摘要

为研究荞麦(Fagopyrum esculentum Moench)自然抗性相关巨噬细胞蛋白(NRAMP)家族成员结构与功能,借助生物信息学手段,从荞麦全基因组数据库中筛选并鉴定荞麦NRAMP家族基因序列,进而对该家族成员的蛋白质理化性质、基因结构、保守结构域、保守基序、亚细胞定位、磷酸化位点、系统进化关系、二级结构和三级结构进行分析。结果表明:在荞麦全基因组中共鉴定出10个NRAMP基因,命名为FeNRAMP1-FeNRAMP10,多数荞麦NRAMP家族成员蛋白质的氨基酸数介于361~605个,跨膜结构数4~12不等,且亚细胞定位除FeNRAMP10定位于液泡膜上外,其他均定位于细胞膜上。进化树分析结果表明,在进化上越接近于FeNRAMP,其基因结构和保守基序也更为相似。除FeNRAMP9蛋白不含有苏氨酸(Thr)磷酸化位点外,其余9个FeNRAMP蛋白的氨基酸序列均含有潜在的丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)磷酸化位点,大部分荞麦NRAMP蛋白的二级结构形式主要是α-螺旋。启动子元件分析表明,多数荞麦NRAMP基因启动子含有参与基因转录、光响应、激素响应等元件。

关键词

荞麦 / NRAMP基因家族 / 生物信息学分析

中图分类号

S517

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张乐晶, 王亚娟, 程远芳, 王斌, 王佩瑾. 荞麦NRAMP基因家族鉴定及生物信息学分析. 扬州大学学报(农业与生命科学版). 2024, 45(03): 36-43 https://doi.org/10.16872/j.cnki.1671-4652.2024.03.004

基金

河南省高等学校重点科研项目(23B320011); 河南省社科联课题项目(SKL-2023-1057); 新乡医学院三全学院2022年度校级骨干教师培育项目(SQ2022GGJS01、SQ2022GGJS02);新乡医学院三全学院2022年度校级优秀青年教师培育项目(SQ2022YQJH02)

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