为探究稻-虾共作模式对稻田水体、土壤细菌群落结构和多样性的影响，采用16S rDNA基因高通量测序技术对夏季稻-虾共作和水稻单作模式下稻田水体、土壤细菌群落组成及多样性进行比较。结果表明：与水稻单作相比，稻-虾共作模式水体细菌群落丰富度和多样性均呈上升趋势，土壤细菌群落丰富度变化不明显，但多样性有所下降，尤其9月显著下降。在细菌群落组成方面，稻-虾共作模式增加水体放线菌门(Actinobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria)相对丰度，降低变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和芽孢杆菌目(Bacillus)相对丰度，增加致病菌不动杆菌属(Acinetobacter)的相对丰度；降低土壤放线菌门(Actinorny cetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和根瘤菌目(Rhizobiales)相对丰度，增加变形菌门、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)和Steroidobacterales目的相对丰度。功能预测分析发现，稻-虾共作模式下细菌碳水化合物代谢通路相对丰度在水体中呈上升趋势，在土壤中呈下降趋势。综上，稻-虾共作模式可改变水体、土壤细菌群落与功能，提高水体细菌群落的丰富度和多样性，降低土壤细菌群落的多样性。