目的 测定婴幼儿手足口病(HFMD)的肠道菌群结构及变化特征。方法 纳入2021年1月—2022年6月经徐州医科大学附属宿迁医院确诊的HFMD婴幼儿48例为HFMD组，健康婴幼儿20例为对照组。提取所有婴幼儿粪便标本DNA并质检，合格后行16S rDNA扩增子测序。对测序后的生物学信息进行丰度、多样性及结构分析。结果 α多样性分析和β多样性分析显示2组间的肠道菌群丰度和多样性未见明显差异。HFMD组肠道菌群结构发生改变，主要表现为毛螺菌属、韦荣球菌属丰度降低，而巨单胞菌属、埃希菌属丰度升高。结论 HFMD婴幼儿存在肠道菌群结构改变，产乙酸盐和丙酸盐的菌属减少。该结果可能为HFMD发病机制及其微生态干预研究提供部分理论依据。