目的 测定肠道病毒71型(EV71)型手足口病的肠道菌群结构并分析其特征。方法 留取2020年1月—2021年12月经徐州医科大学附属宿迁医院确诊的EV71型手足口病及健康儿童粪便样本，提取DNA后行16S rDNA扩增子测序，并对测序后的生物信息进行分类、量化和对比。选用α多样性分析2组间的丰度、多样性差异；选用β多样性分析2组间的菌群结构差异；选用LDA分析和LEfSe分析比较2组间的显著差异菌属。结果 共收集EV71型手足口病患儿(EV71组，45例)和健康儿童(对照组，35例)粪便标本80例。相对于对照组，EV71组肠道菌群多样性(shannon指数，P>0.05)和丰度(ace指数，P>0.05)变化差异无统计学意义，但其结构呈显著改变(weighted＿unifrac,P<0.05),主要表现为奈瑟菌属(P<0.05)和克雷伯菌属(P<0.01)丰度升高，而罗姆布茨菌属(P<0.01)、小杆菌属(P<0.01)以及梭菌属(P<0.05)丰度降低。结论 EV71型手足口病肠道菌群紊乱，以丁酸盐产生菌属丰度降低、机会致病菌属丰度升高为特征。该结果为后期EV71型手足口病的发病机制及微生态治疗提供了部分理论基础。