目的 寻找快速区分黑毛石斛、蜂腰石斛和石仙桃的序列特征扩增区域（sequence characterized amplified regions,SCAR）新标记。方法 在改良的随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)的基础上对10个物种进行基因组DNA随机扩增、分子克隆和测序，分别设计了可鉴别3个物种的SCAR标记。结果 成功筛选出3个SCAR标记，其相应的特异性标记分别为N2-12、A2-17和A6-33；其中SCAR标记N2-12在黑毛种属中扩增出约750 bp的特异性条带，SCAR标记A2-17在蜂腰石斛中扩增出约750 bp的特异性条带，SCAR标记A6-33在石仙桃种属中扩增出约600 bp的特异性条带。结论 N2-12、A2-17和A6-33这3对特异性SCAR新标记能快速、准确的区分出黑毛石斛、蜂腰石斛和石仙桃这3个物种，为今后进行该中药道地药材样品的鉴定提供了实验依据。